*Meines Wissens* (aber das reicht nicht weit) gibt es keine automatische Übertragung nur der verwendeten Ausschnitte aus Clips, es gibt aber zumindest eine Konsolidierung des Projekts, sodass "nicht verwendete Medien" gelöscht werden.
Zunächst gilt es, beim "Loggen und Übertragen" bereits eine grobe Vorauswahl zu treffen. Du schneidest dann in Proxy offline, kopierst die Sequenz in eine 4444 Timeline und nimmst alle - ähhm - 1000 Clips neu in 4444 auf. Dann löschst du mithilfe des Medienmanagers die nicht benötigten Sachen sofort wieder.
Alternative: Du schneidest nativ. Ist nicht sehr flott, geht aber durchaus. Damit du für Überblendungen und sowas Fleisch hast ("Bearbeitungsränder") machst du A/B-Schnitt auf zwei Videospuren. Die beiden Spuren exportierst du als 4444.
EDIT: Da zugegebenermaßen der native Schnitt im guten alten FCP ein paar Minuten in die Sequenz hinein wie Fußnägelkürzen mit einem Bolzenschneider ist, könntest du eine Kombi probieren: Übertragen aller Clips zu Proxy, und zwar, ohne sie neu zu benennen. Schneiden, offline setzen (Proxy-Dateien aus dem Capture Scratch verschieben) und "Medien erneut verbinden", wobei du den Pfad zum DCIM-Ordner angibst. Du könntest das H.264 in einer 4444 Timeline lassen und müsstest *rein theoretisch* erst rendern, wenn du in Color fertig bist. Mach doch mal einen Test, ob das klappt.
EDIT: Der Fall zeigt, warum Adobe die Nase mit nativem Schnitt vorn hat (hoffen wir auf FCP8), aber da es andererseits die qualitativ konkurrenzlosen ProRes-Optionen nicht hat, fehlt wieder, wie Herr Rossi sagen würde, "ein Stück vom Glück".
(bitte keine diskussionen ob prores 4444 sinn macht oder nicht)
Früher gab man Filme nicht husch husch als irgendeinen Consumercodec aus, sondern renderte z.B in Animation (für FullHD glaube ich ca. 1,5 Gbit/ s), für, naja, Animationen und Compositings sowieso. Im Lynda-Training zu Motion heißt es, importier getrost H.264 von einer DSLR, aber dann render in 4444 (ich glaube, knapp 500 Mbit/s, berichtige mich). Auch die Apple-Handbücher empfehlen im Zweifelsfall höchste Qualität. Umgekehrt kann ich mir nicht vorstellen, dass der Unterschied zu HQ für irgendeinen Zweck relevant ist.