Puh, das ist verdammt schwer ohne Beispielbild. Ähnelt es einem der Bilder von 
www.100fps.com ? Hattest du Teile des Videobilds vergrössert/verkleinert z.B. Ränder weggemacht? Videobildgrösse im Projekt ist nicht 720x576? Kannst du noch genauer beschreiben, was du machst? 
Bei der Übertragung von Kamera nach Rechner als DV AVI sollte nichts an der Halbbildreihenfolge passieren. Tools dafür sind u.a. WinDV, CaptureFlux (von Paul Glagla), ScenalyzerLive...
Anders kann das aussehen, wenn du nicht als DV AVI überträgst z.B. gleich ein MPEG Video beim Übertragen erzeugst. Dann muss das Übertragungsprogramm wissen (mitgeteilt bekommen), dass die Quelle interlaced Video liefert und dass das untere Halbbild zuerst geliefert wird. 
Bei einigen, dummen Programmen stellt man dann den MPEG Encoder-Teil für die Umrechnung von AVI ins DVD MPEG Format auch so ein, dass die gleiche Halbbildreihenfolge im Produkt erzeugt wird. 
Bei intelligenten Encodern kann man die Halbbildreihenfolge im Zielformat auch tauschen. Dafür muss aber der Encoder einiges umrechnen können. Kann er das nicht, sieht es nachher gruselig aus (s. dumme Encoder).
Viel Glück
Der dicke Stefan