Lade die clips in AE,
jeder bekommt eine eigene comp, wende Dein stabilizing preset auf den clip an, lass AE rechnen, nimm den nächsten clip usw, das geht im Hintergrund, solange, Dein Rechner das packt.
Danach entweder rausrendern, oder jede comp in Premiere laden.
Sollten die clips für verschiedene Formate benötigt werden ( media player und inet z.B.) lass den ersten Export in einen geeigneten watchfolder speichern, dieser übernimmt selbständig den Export in das
eingestellte Format.
Wenn ich in AE eine Premiere Sequenz importiere, kann man keine effekte darauf anwenden.
Dann läuft da etwas falsch, nutzt Du dynamic link?