Normalerweise sollte der Import von AC3 nach der Filterinstallation problemlos gehen; habe hier mit der Version 2006 diesbezüglich keinerlei Probleme.
Überprüfe mal mit Gspot (
http://www.headbands.com/gspot/), ob Windows den Filter wirklich verwendet: öffne mal eine Deiner Vob-Dateien damit und drücke dann unten unter MS A/V erst die 1, dann die 2. Dabei sollte dann im (unteren) angezeigtem Audiofiltergraphen (also dem Windows-Wiedergabeweg Datei->Lautsprecher) der AC3-Filter auftauchen und das Video samt Ton abspielbar sein.
Überprüfe auch mal, ob Du das letzte verfügbare Update von VDL installiert hast (geht auch aus dem Programm heraus über das Menü Hilfe->Online-Aktualisierung).
Gruß aus Marburg