Shutter Encoder würde ich hierfür empfehlen. Mit dem (Open Source-) Programm ist es möglich, den Videocodec ohne Neukodieren zu kopieren, während AAC in unkomprimiertes Audio gewandelt wird. Als Containerformat des Zielvideos würde ich dann Quicktime/.mov nehmen.
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ffmpeg -i "input.mp4" -vcodec copy -acodec pcm_s16be "output.mov"