So wie ich das verstanden habe hast du eine Effektebene, die du quasi alleine rausrendern willst, und in Premiere dann das Material dadrunter? Das geht so nicht, da der Effekt beim rendern entsteht. Dafür müsstest du das AE Projekt in Premiere über die Spurt mit dem Footage legen, Stichwort Dynamic Link. Gerendert wird dann in dem Fall aus Premiere heraus.
Das sollte eigentlich nicht gehen, bist du dir da sicher? Leg mal in AE eine leere Komposition an, aktivier die Alpha-Kanal Vorschau-Funktion, es sollte nun ein Schachbrettmuster zu sehen sein. Wenn du jetzt die AVI importierst und in diese Komposition legst, was siehst du dann? Ist das Schachbrettmuster noch irgendwie zu sehen oder komplett überdeckt?